Se ubica en la esquina que hacen las calles de Ibarra y Federico Tena. Abrió sus puertas en 1545, junto con el templo del convento de San Francisco, formando parte del hospital, hoy desaparecido. Allí se enseñaba la doctrina cristiana y se administraban los santos sacramentos. Los indígenas eran los encargados de asearlo, mantenerlo en buen estado y ornamentarlo con lo necesario.
El objetivo de este hospital fue similar al del hospital de Santa Marta, fundado por don Vasco de Quiroga y fue, a su vez, imitado más tarde por el hospital de Santa Catarina, fundado por los indígenas en el barrio de San Agustín.