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Es el templo más importante de Pátzcuaro, pues fue la catedral que don Vasco de Quiroga fundó y comenzó a construir en 1540, cuyo proyecto era verdaderamente grandioso. Debía constar de cinco naves de igual tamaño que concurrirían en el centro, donde se ubicaría el altar mayor, es posible observar su diseño en el escudo de armas de la ciudad, donde quedo plasmado. Dicho diseño representaba una solución al problema de la multitud de fieles, que no cabían en un templo y que los frailes habían resuelto con las capillas abiertas, es decir, al aire libre – de las que hablaremos más adelante -. “Tata” Vasco pensó en hacer un templo compuesto de cinco iglesias capaz de albergar a todos los fieles al mismo tiempo. Sin embargo, dicha obra no se llegó a realizar debido a que los peritos en construcción de aquel entonces la consideraron peligrosa por su tamaño y los terremotos que constantemente sacudían la región. Existe otra versión que cuenta que la construcción no se llevó a cabo en realidad debido a que el Vaticano la consideró soberbia y capaz de competir en grandeza e importancia con la Basílica de San Pedro, en Roma.
Aún así, la única nave construida sirvió como Catedral desde la llegada de los Jesuitas en 1573, hasta que la sede episcopal fue trasladada a Valladolid – hoy Morelia – en 1580.
El altar principal de la Basílica sirve desde 1908 como albergue a una imagen de la venerada Virgen de la Salud, hecha de pasta de caña y miel de orquídeas, mezcla comúnmente utilizada en tiempos prehispánicos por los indígenas y luego aplicada en el siglo XVI para hacer figuras religiosas.
